La gestion du Garon et du Gier nécessite l'abattage de certains arbres à maturité en préventif. Certains arbres peuvent empêcher l'écoulement de la rivière lors des crues et créer des embâcles importantes pouvant détruire certains ouvrages ou inonder certains riverains ; ils nécessitent leur déchaussement. Cette gestion se fait en collaboration avec le technicien rivière sur les questions d'enjeux hydrauliques. L'aménagement passe par des passes à poissons ou des épis déflecteurs visant à accélérer le courant et à oxygéner l'eau. Cela permet pendant les période de sécheresse de maintenir une souche mère (truite) dans l'eau et bassin. ces travaux sont réalisés de la même façon que dans les balmes par de petits engins adaptés aux contraintes d'accès. Suivant les endroits, le débardage à cheval va permettre de limiter l'impact sur la faune et la flore.